Phineas e Ferb descobrem que seu amado animal de estimação Perry,o Onitorrinco é um agente secreto que luta contra as forças do mal quase todos os dias. Os meninos, com Perry vão entrar em uma grande aventura através de um universo paralelo onde eles devem, em última instância contrariar uma versão mais malvada do Dr. Doofenshmirtz. Enquanto isso Candace tenta equilibrar amigos com seu namorado.
